Chirurgijoje naudojami du medicinos instrumentų sterilizavimo būdai: sterilizavimas aukštoje temperatūroje ir sterilizavimas žemoje temperatūroje.
1. Aukštos temperatūros sterilizavimo metodas – naudojant aukštą šilumą mikrobų baltymams denatūruoti, kad būtų pasiektas bakterijų naikinimo tikslas. Tai plačiausiai naudojamas kliniškai, dažniausiai naudojamas slėginis garų sterilizavimas, kuris tinka instrumentams ir gaminiams, kurie gali atlaikyti didelę drėgmę ir šilumą. Taip pat yra greita sterilizacija garais, kurią galima naudoti plikiems instrumentams ir daiktams.
Antra, sterilizavimas žemoje temperatūroje, dažnai naudojant sterilizavimą etileno oksidu. Labiausiai klinikinis pritaikymas, privalumas yra tas, kad jis nepažeidžia sterilizuotų daiktų, turi stiprią prasiskverbimo galią ir gerai naikina mikroorganizmus. Sterilizavimas žemos temperatūros formaldehido garais gali būti naudojamas medicinos prietaisams, kurie negali atlaikyti aukštos temperatūros.
