Skirtingi sterilizavimo būdai parenkami atsižvelgiant į skirtingą endoskopinių instrumentų ir jų komponentų našumą bei atitinkamą instrumento gamintojo informaciją. ,
1. Sterilizavimas aukštu slėgiu garais: visi endoskopiniai chirurginiai instrumentai, kuriuos galima autoklavuoti, turi būti sterilizuojami aukštu slėgiu.
2. Etileno oksidas: Etileno oksidas turi stiprią sterilizavimo galią, plačiai paplitusią sterilizaciją, nepažeidžia daiktų ir turi stiprią įsiskverbimo galią. Netinka naudoti aukšto slėgio garus endoskopiniams lęšiams, fotoaparatams, šviesos šaltinių spinduliams, elektrokoaguliacijos laidams ir tt sterilizuoti. Šiuo metodu galima sterilizuoti visus.
3. 2 % mirkymas glutaraldehidu: naudojamas endoskopinių instrumentų panardinimui sterilizuoti. Jį reikia mirkyti 10 valandų. Mirkymo metu instrumento jungtys turi būti atidarytos, o spindis turi būti užpildytas mirkymo skysčiu. Likusį vaistinį tirpalą prieš vartojimą reikia pakartotinai nuplauti steriliu vandeniu.
4. Medicininio sterilizatoriaus sterilizavimas.
